Con las herramientas que encontramos en el bloque "Estructura", podremos crear nuestro árbol de contenidos. Si tenemos unos contenidos extensos los estructuraremos en Temas, Secciones y Unidades para que sean más comprensibles y accesibles a nuestros lectores. Sin embargo, no se recomiendan más de tres niveles en la estructura.

Al comienzo de todo proyecto de eXeLearning nos encontraremos con el nodo o página denominado "Inicio", nodo del que colgarán todos nuestros contenidos. A este nodo lo denominaremos "nodo padre".